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ニコニコ動画をコメントがついたまま保存するには、画面を切り
抜いて物理的に録画するツール「劇あれ」を使用します。



「劇あれ」は以下のページでダウンロードできます。

劇あれ


ニコニコ動画を保存する手順

1、ダウンロードした「劇あれ」を解凍後、フォルダ内の
  「TOMOYO」(女の子のアイコン)をクリックして、
  立ち上げる。

2、「設定1」タブは「絶対座標指定」にして、「カーソルを
  中心とする領域を録画」のチェックを外す。

3、「設定2」タブで「録音」にチェックが入っていることを
  確認する。

4、「設定1」タブに戻り、「範囲選択」をクリックしたあと、
  動画ページ(ニコニコ動画の動画ページ)を開き、
  動画画面を枠で囲む。
  ※動画画面の左上にポインターをあて、左クリック
   したまま、グイ〜〜ンっと、動画画面の右下まで
   持っていくと上手く囲うことができます。

5、「劇あれ」の録画ボタンをクリックしたあと、すぐに
  動画も再生させる。

6、動画が終わると「停止」ボタンをクリックする。

7、録画が停止したら「中間ファイル」が作成される。

8、保存方法を「AVI」か「MPG」など、動画形式に
  選択し、「OK」をクリックして動画を保存します。

【使用上のご注意】
※1
「劇あれ」に限らず、こういう動画のキャプチャーソフト
は、起動中かなりのCPUを喰うので、パソコンが重たく
なる…最悪の場合は固まることもあるのでご注意ください。

※2
ニコニコ動画はいわずとしれたストリーミング動画です。
ストリーミング動画は、再生しながら読み込んでいるので、
アクセス集中時などは読み込みが追いつかなくなり、途中
で動画が止まることが多々あります。キャプチャーする
場合は、あらかじめ全ての動画を読み込んだ上で行う
ことをおススメします。